Tháng 4 âm lịch năm 1289, Trần Nhân Tông xét công lao các tướng sĩ trong trận thắng quân Nguyên. Các tướng Trần Quốc Tuấn được phong tước "đại vương", Hưng Vũ vương Trần Quốc Nghiễn phong Khai quốc công, Hưng Nhượng vương Trần Quốc Tảng phong Tiết độ sứ; Đỗ Khắc Chung được ban họ Trần của vua; Nguyễn Khoái được phong Liệt hầu và 1 hương (xã) làm thái ấp (sau được mang tên ông, gọi là Khoái Lộ);[30] Phạm Ngũ Lão được phong Dực Thánh quân. Tù trưởng Lạng Giang Lương Uất có quân công nên được phong làm Trại chủ Quy Hóa. Tù trưởng Hà Tất Năng có công chỉ huy người thiểu số đánh giặc, được phong tước Quan phục hầu. Các tù trưởng người Mường, Tày, Thái, Dao đều được phong chức phục hầu.

Hưng Trí vương Trần Quốc Hiện cũng có công lao rất lớn, nhưng vì cãi lệnh vua đem quân đánh bọn Thoát Hoan trong khi vua đã hạ lệnh thả cho chúng một con đường sống nên ông không được phong thưởng. Nội minh tự Đỗ Hành bắt được Ô Mã Nhi, là lập được đại công nhưng vì không dâng lên vua mà lại dâng lên Thượng hoàng nên bị bắt tội bất kính, chỉ được phong tước Quan nội hầu.

Ngoài ra, Trần Nhân Tông còn phong cho tông thất có công, như con cháu Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn trấn thủ các vùng thượng du. Triều đình lại cho vẽ chân dung, ghi công trạng những người có chiến công đặc biệt trong hai cuộc chiến (kháng chiến chống Nguyên lần 2, lần 3) vào sách Trùng Hưng Thực Lục.

Bấy giờ người trong nước lập được quân công rất nhiều mà chức tước, bổng lộc của triều đình thì có giới hạn. Việc thưởng công xong rồi, nhiều người vẫn cho là sơ sài. Thượng hoàng Trần Thánh Tông bèn dụ rằng:

Nếu các khanh biết chắc là giặc Hồ không vào cướp nữa thì nói rõ cho trẫm biết, dù có thăng đến cực phẩm trẫm cũng không tiếc. Nếu không thế mà đã vội thưởng hậu, vạn nhất giặc Hồ trở lại, và các khanh lại lập công nữa thì trẫm lấy gì mà thưởng để khuyến khích thiên hạ

Xét tới những người từng theo hàng quân Nguyên khi quân Nguyên đang mạnh, quan viên phạm tội thì xử tử hoặc bắt đi đày, còn quân dân thì đều miễn tội nhưng bị bắt phải chịu phu dịch, chuyên chở gỗ đá để xây dựng cung điện. Cận thần rất được tin dùng của vua Trần Nhân Tông là Đặng Long trước đây vua đã định phong làm Hàn Lâm học sĩ nhưng Thượng hoàng ngăn cản, Đặng Long bất mãn nên hàng giặc. Khi Long bị bắt, vua sai đem chém đầu làm răn. Trần Ích Tắc theo nhà Nguyên, bị đổi gọi là Ả Trần (ý nói "nhát như phụ nữ"). Trần Kiện và Trần Văn Lộng tuy đã chết nhưng vào năm 1289, vua Trần ra sắc lệnh bắt con cháu hai người cũng bị tịch thu gia sản và đổi sang họ Mai (枚).

Những hương sớm hàng giặc là Bàng Hà, Ba Điểm thì bắt dân ở đó đời đời chỉ được làm lính, làm nô, không được đi thi hay tiến cử làm quan, làm tướng.

Khi quân Nguyên thua chạy, bỏ lại một tráp công văn. Quân Trần bắt được, có nhiều giấy tờ của các quan lại tư thông với quân Nguyên. Đình thần muốn mang đối chiếu để trị tội, nhưng thượng hoàng Trần Thánh Tông làm theo gương Hán Quang Vũ Đế, cho rằng trị tội kẻ tiểu nhân cũng vô ích, rồi sai đốt hết đi.[31]